Méthodes scientifiques
Les sites archéologiques des lacs et des tourbières sont d'excellentes archives pour les disciplines des sciences naturelles, surtout pour les sciences biologiques (archéobiologie et archéozoologie), la paléolimnologie (science ayant pour objet l'étude des eaux stagnantes comme les lacs et les écosystèmes) et la recherche climatique. D’autres disciplines des sciences naturelles peuvent s’appliquer à l’étude des sites lacustres comme la palynologie (étude des pollens), la sédimentologie et la pédologie (étude des sédiments et des sols), la malacologie et l’entomologie (étude des mollusques et des insectes). D’une grande importance est la possibilité d’attribuer à une période donnée les séquences de croissance annuelle des cernes des bois de construction trouvés dans les sites (dendrochronologie).
Archéobiologie et archéozoologie
Peu de sites en Europe présentent des conditions de conservation aussi idéales que les sites en bordure de lac et de marais. Cela concerne aussi bien les ossements de mammifères, d’oiseaux, de reptiles et de poissons que les restes de plantes cultivées et la végétation qui entourait les habitats.
Dans les sites terrestres, une mauvaise interprétation de la variété des plantes résulte souvent des mauvaises conditions de conservation, puisque les espèces qui peuvent être carbonisées sont surreprésentées, C’est le cas particulièrement des céréales. Les herbes sauvages et les plantes cueillies sont dès lors sous-représentées. Les sites en milieu humide permettent ainsi de mieux interpréter les vestiges des sites en terre ferme.
Dendrochronologie
L'abondance des bois de construction conservés offre des conditions idéales pour recourir à la dendrochronologie, méthode grâce à laquelle les maisons et les villages peuvent être datés à l'année près. Il est en effet possible de lire les cernes du bois, dont le dessin forme une sorte de « code-barres » caractérisant une succession d'années de plus ou moins forte croissance. On peut ensuite replacer cette séquence dans le temps par comparaison avec des chronologies de référence ; si le dernier cerne présent sous l’écorce est conservé, on obtient la date précise d’abattage de l'arbre.
Plus de 100'000 bois issus des palafittes ont ainsi pu être datés. Cela ne permet pas seulement de reconstruire l'histoire de la construction des villages à l’année près, mais aussi à dater les objets très précisément. En outre, dans beaucoup de cas, les sites en milieu humide offrent un potentiel énorme pour la recherche climatique. L'analyse des cernes annuelles des bois donnent un apercu précieux des conditions climatiques et environnementales.