Naturwissenschaftliche Methoden
Die archäologischen Fundstellen in den Seen und Mooren sind exzellente Archive für naturwissenschaftliche Disziplinen, vor allem für die Biowissenschaften (Archäobiologie und Archäozoologie), die Paläolimnologie (Wissenschaft von Binnengewässern und Ökosystemen) und die Klimaforschung). Andere wissenschaftliche Disziplinen, die in der Pfahlbauforschung angewandt werden sind die Pollenanalyse, Sedimentologie und Pedologie (Analyse von Sedimenten und Böden), die Malakologie und Entomologie (Mollusken- und Insektenkunde). Ebenfalls von grosser Bedeutung ist die Möglichkeit, das jährliche Wachstum der Jahrringe von aufgefundenen Bauhölzern einer bestimmten Zeit zuordnen zu können (Dendrochronologie).
Archäobiologie und Archäozoologie
Nicht viele weitere Fundstellentypen in Europa weisen so günstige Erhaltungsbedingungen auf wie die Pfahlbauten. Dies trifft auf Knochen von Säugetieren, Vögeln, Amphibien und Fischen ebenso zu wie auf Reste von kultivierten Pflanzen und der natürlichen Vegetation der Umgebung der Siedlungen. Im Gegensatz dazu führen die schlechten Erhaltungsbedingungen von Fundstellen auf Trockenböden zu einer Verfälschung des Pflanzenspektrums, da Arten mit einer grösseren Verkohlungs-Wahrscheinlichkeit überrepräsentiert sind. Dies trifft beispielsweise auf Getreidearten zu. Wildkräuter und Sammelpflanzen sind dagegen unterrepräsentiert. Die Seeufersiedlungen helfen uns so, auch die Funde von Trockenbodensiedlungen richtig zu interpretieren.
Dendrochronologie
Die zahlreichen Bauhölzer bieten ideale Voraussetzungen für eine jahrgenaue Datierung einzelner Häuser und ganzer Dorfanlagen mit der Methode der Dendrochronologie: Die Struktur der Hölzer ist erhalten, so dass die Jahrringe gut vermessen werden können. Ihr Muster entspricht einem Strichcode, der die charakteristische Abfolge guter und schlechter Wachstumsjahre registriert. Im Vergleich mit Referenzchronologien kann die genaue Position der Jahrringfolge auf der Zeitachse ermittelt werden. Ist der letzte Jahrring unter der Rinde erhalten, ergibt sich das jahrgenaue Fälldatum des Baumes. Auf diese Weise sind bereits über 100'000 Pfahlbauhölzer datiert worden. Dies erlaubt es nicht nur die Baugeschichte der Dörfer jahrgenau zu rekonstruieren, sondern auch die Funde in einer Genauigkeit zu datieren, die einzigartig ist. Schliesslich bergen die Pfähle ein grosses Potential für künftige Klimaforschungen, da die Jahrringanalysen unschätzbare Einblicke in die Klima- und Umweltbedingungen bieten.